Di tengah serangan terus-menerus dari makhluk-makhluk mengerikan bernama Angels yang berupaya memusnahkan umat manusia, Badan Khusus PBB NERV memperkenalkan dua pilot EVA baru untuk membantu mempertahankan kota Tokyo-3: Makinami Mari Illustrous yang misterius dan Asuka Langley Shikinami yang penuh semangat. Sementara itu, Gendo Ikari dan SEELE melanjutkan proyek rahasia yang melibatkan Rei dan Shinji.